Como el juego original, llevas a tu personaje a través de Kanto. El Profesor Oak te da a elegir entre Bulbasaur, Charmander o Squirtle.

Tu rival es el vecino de la casa de al lado y se enfrentará a ti con ventaja, pues elegirá al Pokémon inicial cuyo tipo será ventajoso contra el que tú elijas.

Estos Pokémon no son capturables. Sólo los puedes conseguir de la mano del Profesor Oak, así que para conseguirlos a todos, tendrás que intercambiar con los conseguidos en otros cartuchos.

Deberás convertirte en el mejor entrenador Pokémon y para ello deberás derrotar a los ocho líderes de gimnasio para conseguir las medallas y así poder enfrentarte al Alto Mando. Por el camino tendrás que resolver algunas situaciones y dar su merecido al Team Rocket. Además deberás capturar a todos los Pokémon para completar la Pokédex y así ayudar al Profesor Oak en sus investigaciones.

Tras pasar la Liga Pokémon podrás visitar un nuevo archipiélago de islas (Islas Sete) donde se podrán seguir pequeñas historias secundarias y donde aparecen algunos Pokémon de otras generaciones.

Después de pasarte el juego aún tienes muchas cosas que hacer: