La carátula de Pokémon Oro enseña a Ho-Oh, la de Pokémon Plata a Lugia, los Pokémon legendarios principales de las dos primeras ediciones. En Pokémon Cristal, en cambio, se le da el protagonismo de aparecer en portada a Suicune, uno de los tres perros legendarios.

En ellos, es el profesor Elm quien hace entrega del pokémon inicial (Chikorita, Cyndaquil o Totodile), al jugador y no el profesor Oak como en Pokémon Rojo, Azul y Amarillo, si bien este también hace aparición con solo comenzar el juego preguntándote la hora, el nombre y el sexo (en Cristal). Además, tiene un programa en la radio (otra innovación incorporada respecto a la primera generación).

Otra de las innovaciones es el Pokégear (Pokémon Gear), dispositivo multifunciones (incorpora teléfono móvil, entre otras cosas) que en las ediciones posteriores sería reemplazado por el Pokénav. Este tiene que estar en hora, porque otra de los nuevos factores introducidos es la diferencia de juego si es de día o de noche.