Pokémon Box: Rubí y Zafiro (generalmente abreviado Pokémon Box) es un disco de expansión para Pokémon Rubí, Zafiro y Esmeralda sacado para Nintendo Game Cube. No es un juego en sí mismo sino que ya que en el se pueden guardar los pokémon capturados en los juegos Pokémon Rubí, Zafiro y Esmeralda a modo de expansión, aunque puede jugarse a Pokémon Rubí y Zafiro en el televisor conectando una Game Boy Advance con uno de estos juegos, quedándose Pokémon Esmeralda a parte utilizándose únicamente para guardar pokémon y no para jugar en el televisor.

Pokémon Box sirve para organizar a los Pokémon de las ediciones Rubí, Zafiro y Esmeralda. Para jugar a Pokémon Box, es obligatorio el uso de un juego (Rubí, Zafiro o Esmeralda), una Game Boy Advance, un Cable Game Link y por supuesto una Game Cube. Es entonces cuando es posible almacenar hasta 1500 Pokémon en una tarjeta de memoria especialmente diseñada para este juego y que se incluye dentro del mismo.

Una vez que el entrenador conecte todos los accesorios necesarios, se podrá usar Pokémon Box para ver las habilidades de tus Pokémon, su estatus y organizar las cajas y mostrarlas visualmente en "Pokéfichas" de forma variada. El fin del juego es almacenar tus Pokémon en la tarjeta de memoria que se ha diseñado especialemente para Pokémon Box, y utilizar el software para organizarlos y dedicir cómo ordenarlos y que estilo visual darle a cada caja. Hay incluidos varios métodos de organización, listado por tipo de Pokémon, listado según la numeración antigua o la numeración de Hoenn (la utilizada en Pokémon Rubí/Zafiro/Esmeralda)