Todo empieza en una introducción donde se ve a la banda Cifer (como en todo juego pokemon siempre tiene que haber algún equipo malvado) esta en mitad de una reunion muy importante donde estan presentes todo sus comandantes con otro equipo el llamado Equipo Cepo que hablan de una nueva maquina y de unos ciertos pokémon llamados pokemon oscuros, que son pokemons que el Equipo Cifer ha repartido ha entrenadores de toda la region.Ha estos pokemons se les cierran el corazón convirtiendolos en maquinas de luchar sin sentimientos.Después de que la banda Cifer muestre sus inventos el equipo Cepo muestra los suyos, que es una especie de brazo robotico que el equipo cepo ha llamado PokeCepo que convierte pokeballs para robar pokemons a otros entrenadores.De repente en mitad de la reunion estalla una bomba y se ve como alguien aprovechando la confusión de el humo roba la cepoball, es ahi donde comienza la aventura.Después de robar el PokeCepo te diriges con una especie de moto a la siguiente ciudad(la moto es el unico vehiculo que dipondremos para ir de ciudad en ciudad, lo que elimina en los habituales juegos de Pokémon las rutas y cuevas).Cuando llegas a la ciudad te direges a una especie de coliseo donde miras que una chica corre desesperada para escapar de unos miembros del Equipo Cifer, la chica se dirige hacia ti para pedirte ayuda, entonces vienen los miembros del Eqipo Cifer que intentan secuestrarla.Despues de vencerlos la chica te dira su nombre(el nombre de la chica es opcional, puedes ponerle el nombre que quieras)y despues te pedira el tuyo(el nombre del protagonista tambien es opcional, puedes ponerle el que quieras).Entonces te dira porque querian secuestrarla y que fue aquella sensació extraña que tuvo en el combate, te explica que ella tiene el poder de ver a los pokemons oscuros y que le gustaria acompañarte en tu aventura para purificar a todos los pokemons.

La historia del Personaje

La historia del personaje se transcurre en que... ¡Era el mejor roba pokémon del Equipo Cepo! pero descubrio que era malo y desde el primer pokémon oscuro hasta el 48 decidio purificar a todos.